Lohdullista luotettavaa tietoa omikronista Tanskasta
https://www.reuters.com/world/europe/denmark-ease-coronavirus-restrictions-despite-omicron-surge-2022-01-12/
”We are in a better position than we had anticipated and feared,” said Soren Brostrom, head of the Danish Health Agency. ”We can now say with considerably more certainty that this new virus variant, which is now the predominant, causes less disease.”
Omikronepidemia saattoi alkaa ensimmäisenä Euroopassa tautiryppäällä Skotlannissa 20.11.2021 noin kaksi viikkoa ennen sen saapumista Suomeen https://www.heraldscotland.com/news/19752001.covid-scotland-nine-omicron-cases-far-detected-linked-single-private-event/ . Skotlannin hallituksen kotisivut https://www.gov.scot/publications/coronavirus-covid-19-additional-data-and-information/ kertovat, että vähemmän kuin 100 henkilöä on joutunut omikronin takia sairaalaan ja 5.1.2022 mennessä kolme ihmistä oli joutunut teho-osastolle omikronin vuoksi. Mediaaniaika koronadiagnoosista sairaalaan on kuusi päivää. Varmistettuja omikrontartuntoja on Skotlannissa ollut 21 823. Todellisuudessa omikroninfektioita on Skotlannissa todennäköisesti saman verran kuin Tanskassa, mutta Tanskaan nähden vähäisen sekvensoinnin vuoksi vain murto-osa omikroneista on jäänyt haaviin Skotlannissa.
Parhaimmat tiedot omikronin vaarallisuudesta on nyt saatavilla Tanskasta https://files.ssi.dk/covid19/omikron/statusrapport/rapport-omikronvarianten-03012022-9gj3. Tanska on täysin poikkeuksellisesti muuhun maailmaan verrattuna sekvensoinut kaikki koronapositiivisen PCR-tuloksen saaneet 19.12.2021 asti. Sen jälkeen Tanska on joka päivä sekvensoinut diagnosoitua väestöä edustavalla otoksella, jonka perusteella voidaan helposti laskea omikron tartuntojen kumulatiivinen määrä. Tammikuun toiseen päivään mennessä Tanskassa oli diagnosoitu 143 237 koronatapausta ja 3.-6.1 mennessä niitä konservatiivisella 90 % osuusolettamalla on diagnosoitu lisää 73 628. Omikronkuolemia on ollut 18 kappaletta 2.1.2022 mennessä Tanskassa. Kaikki sairaanhoidetut koronapotilaat Tanskassa on sekvensoitu eli siellä tiedetään tarkkaan omikroniin kuolleiden ja sairaalaan joutuneiden koronainfektion saaneiden lukumäärä. Tuonnempana arvioimallani CFR luvulla eiliseen asti diagnosoidut omikrontapaukset Tanskassa tuottavat 156 kuolemaa edellä mainittujen 18 kuoleman lisäksi.
Uusintainfektioiden osuus on omikronin myötä noussut nyt kahdeksaan prosenttiin eli noin 2000:een per päivä Tanskassa. https://www.sst.dk/en/english/corona-eng/status-of-the-epidemic/covid-19-updates-statistics-and-charts
Tein pienen laskuharjoituksen Tanskan raportin raakatiedon pohjalta olettaen, että mediaaniaika diagnoosista kuolemaan on 13 vuorokautta. Näin menin taaksepäin 2.1.2022 ajankohdasta 13 päivää ja laskin kumulatiivisen omikrontartuntojen määrän Tanskassa 20.12.2021 mennessä. Niitä oli laskujeni mukaan 43 200. Nyt oletin, että 2.2.2022 mennessä 50 % omikronin aiheuttamista kuolemista on tapahtunut tuohon ajankohtaan mennessä ja että lisää on odotettavissa toiset 18 seuraavien viikkojen aikana. Näin saan tapauskuolevuudeksi (engl. case fatality rate eli CFR) 36/43 200 eli 0,08 %. Kausi-influenssan tappavuus on 0,1 %. Jos oletetaan konservatiivisesti, että vain puolet omikrontartunnoista tulee ilmi, niin infektion tappavuus (infection fatality rate engl. infection fatality rate eli IFR) on vain puolet tuosta eli 4/10 000 eli hyvin pieni. On varmaa, että osa tartunnoista on oireettomia ja omikrontulvan vuoksi ei edes Tanskassa kaikki kliinisiä oireita aiheuttavat tartunnat tule ilmi. Laskelmani konservatiivisuutta ilmentää myös se, että tuon 43 200 suuruisen kohortin aika omikrondiagnoosista 2.1.2022 asti on keskimäärin 18 vrk (mediaani 18 vrk ja hajonta 13-37 vrk).
Tanskassa 2.1.2022 hoidettiin alle viisi (em. raportti ei anna tarkkaa lukua vaan <5 merkinnän) omikronpotilasta teho-osastolla, joka tarkoittaa, että niitä oli viisi prosenttia eli joka 20. tai vähemmän tehohoidetuista koronapotilaista oli omikronin vuoksi joutunut teho-osastolle 2.1.2022. Tammikuun 3.-6.2022 välisenä aikana kriittisesti sairaiden potilaiden määrä nousi viidellä Tanskassa. Ottaen huomioon, että vain joka 20. tehohoidettava koronapotilas oli tehohoidossa omikronin vuoksi 2.1.2022, ei ole varmaa, johtuuko kriittisesti sairaiden potilaiden määrän lisäys neljän viimepäivän aikana Tanskassa omikronista lainkaan. https://www.sst.dk/en/english/corona-eng/status-of-the-epidemic/covid-19-updates-statistics-and-charts
Edelliseen päivään verrattuna sairaalapotilaiden lukumäärä on tänään Tanskassa 756 (-28 edelliseen päivään verrattuna), tehohoidettujen potilaiden määrä 82 (+2 edelliseen päivään verrattuna) ja hengityskoneeseen kytkettyjen potilaiden määrä on 47 (-2 edelliseen päivää verrattuna). https://www.sst.dk/en/english/corona-eng/status-of-the-epidemic/covid-19-updates-statistics-and-charts
Omikron tartunnat ovat Tanskassa kuten monessa muussakin maassa olleet yleisiä erityisesti nuorilla. Tämä voi vääristää CFR ja IFR arvioitani. Uuden tanskalaistutkimuksen mukaan erityisesti kolmeen kertaan rokotetut välittävät tautia paljon vähemmän tehokkaasti kuin rokottamattomat ja rokotusten antama suoja – jo kahden pistoksen jälkeen – vakavaa tautia on hyvä. Sitä voidaan vielä pienentää kolmannella rokotuksella. Näin alhainen omikronkuolleisuus Tanskassa ja todennäköisesti myös Skotlannissa on yhdistelmä omikronin vähäisemmästä patogeenisuudesta sekä massarokotusten antamasta osittaisesta laumasuojasta ja yksilöille koituvasta suojasta vakavaa tautia vastaan. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.27.21268278v1.full#T1
Saadut rokotukset eivät juuri taida suojata omikronilta.
Rokotteiden kehitysvaiheessa omikronia ei edes ollut.
Ilmoita asiaton viesti
Kyllä ne suojaa tartunnalta suunnilleen yhtä kauan tai hyvin kuin sairastettu korona eli lasku- tai arviointitavasta riippuen noin 10 viikkoa. Englannissa oli ennen joulua jo 69 sairastunut koronaan kolmannen kerran. Tuosta lisää UK HSA: SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England Technical briefing 33, s. 28 2.5 Reinfections. Kaikista tapauksista 9,5 % oli uudelleentartuntoja.
Hesarissa aika uusi juttu aiheesta: Husin Ruotsalainen: Omikronin aiheuttamaan koronatautiin voi sairastua jopa kahden tai kolmen kuukauden kuluttua edellisestä taudista.
Ilmoita asiaton viesti
Kysynpä uudestaan: Onko Paunio määrännyt kenellekään hydroksiklorokiinia tai ivermektiiniä koronan hoitoon?
Ilmoita asiaton viesti
En ole määrännyt niitä kenellekään niitä kenellekään niitä pyytäneelle.
Ilmoita asiaton viesti
Saanko vastauksen kysymykseen?
Ilmoita asiaton viesti
Jäljellä epäiltävistä omikron-vaivoista on vielä se pitkäkestoinen korona (long covid). Nopea leviäminen ja lievä tappavuus ovat virukselle edukkaita ominaisuuksia, mutta sille on melko yks hailee, mitä tapahtuu tartunnan saaneelle kuukauden kuluttua. Omikronilla on siten asiat kunnossa, mutta omikron-potilailla ei välttämättä ole.
Ilmoita asiaton viesti
Tässä yli miljoonan koronatartunnan saaneen seurantatutkimus. Sen mukaan tällaisen Long Covidin prevalenssi olisi 0,27 %. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.24.21259277v1.full.pdf
Ilmoita asiaton viesti
Onhan se lohdullista, että kuolleisuus on tippunut suunnilleen samalle tasolle kausi-influenssan kanssa, kun rokotetta 2 annosta tanskalaisista oli saanut 77 % 14.12. (pohjoismaiden korkein) ja nyt kolmannen rokotuksen on saanut jo yli 52 %, kun suomalaisista vain yli 24 %. Melkein pari vuotta lääkärit ovat harjoitelleet hoitoa runsaasti ja senkin takia kuolleisuus on laskenut paljon. Kausi-influenssan kuolleisuudeksi mainitaan yleensä kyllä 0,1 – 0,05 %, riippuen tietysti mikä virus sattuu olemaan kierrossa.
Tarttuvuus omikronilla on ihan eri sfääreissä. Kausi-influenssakin voi kyllä tarttua ilmateitse eli aerosolina, mutta se on äärimmäisen harvinaista. Eräs arvio omikronin R0-arvosta oli noin 10 ja toinen nykyisissä poikkeusoloissa 3,5. Jo delta oli niin nopea lisääntymään, että tartunnan saaneen uloshengitysilmasta mitattiin jopa 1 200-kertainen virusannos verrattuna alfan tartuttamaan. Omikronin tartuttama hönkii kai sitten kymmeniä tuhansia kertoja niin paljon virusta kuin alfan tai alkuperäisen koronan tartuttama.
Ilmoita asiaton viesti
Juu olen niitä harvoja, jotka Suomessa on kirjoittanut ilmateitse tapahtuvasta tartuntataudin leviämisestä; omikron on taatusti ilmateitse leviävä tauti. Olin tämän idean oppi-isän Alex Langmuirin eli eläköityneen Yhdysvaltain liittovaltion pääepidemiologin viimeinen assari Johns Hopkins’ssa. Hänen innoittamana menin eräänä päivänä Honkajoelle, josta löytyi edellisen terveydenhoitajan ruutuvihkoon laittamat tarkat muistiinpanot hirmuisesta paikallisesta tuhkarokkoepidemiasta, jossa kaksi teini-ikäistä sairastui todella pahasti ja hengenlähtökin oli lähellä. CDC oli tehnyt ennen meidän tutkimuksen julkaisemista toisen vastaavanlaisen tutkimuksen tuhkarokon räjähdysmäisestä leviämisestä huolimatta erittäin korkeastahttps://academic.oup.com/aje/article/148/11/1103/123185rokotuskattavuudesta.
Ilmoita asiaton viesti
Luin vain tiivistelmän, mutta sen perusteella tuhkarokko käyttäytyisi aivan kuin omikron. Jopa kaksi kertaa rokotettu voi saada tartunnan, jos saa liian ison annoksen virusta.
Ilmoita asiaton viesti
Joo transmissio taitaa olla samaa luokkaa, mutta tässä teimme liian hätäiset johtopäätökset, koska kun katsoimme IgG aviditeettitasot myös honkajokilaisilta, ne olivat kaikki matalia. Tämä tarkoitti sitä, että elimistö oli kaikilla honkajokilaisilla tuhkarokkopotilailla naiivi eli heillä ei ollut lainkaan humoraalista immunologista muistia. Kun keskustelin uuden terveydenhoitajan kanssa, epäilys oli, että vanha terveydenhoitaja ei todellisuudessa ollut antanut lapsille kuin pelkkää liuotinta, johon elävät heikennetyt virukset sekoitetaan. Vanha terveydenhoitaja oli kuitenkin – hieno juttu tieteen kannalta – merkinnyt muistiin ruutuvihkoon tarkat tiedot epidemiasta. Tajusin, että ruutuvihko oli todellinen epidemiologinen aarrearkku. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2810910/ Myöhemmin kirjoitimme esseen IgG aviditeetin soveltamisesta maailmanlaajuisesti vuonna 2003, joka muutti lopulta 15 vuotta myöhemmin WHO:n tuhkarokkorokotusstrategian. https://www.duodecimlehti.fi/duo13540 Sekä WHO, että CDC yrittivät kaikin keinoin estää meidän 2003 review’n julkaisemisen. Isot asiat olivat pelissä…https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12877632/
Vielä sen verran, että elävän heikennetyn tuhkarokkorokotukset kahden pistoksen ohjelma antaa yli 95% kattavuudella laumaimmuniteetin, mitä koronarokotteet eivät anna. Muistetakoon, että korona kiertää myös tuotanto- ja villieläimissä eli sitä ei edes teoriassa voi hävittää kuten iso- ja tuhkarokkoa. Tuhkarokon hävittäminen on taas erinomaisen vaikeaa sen erittäin suuren omikronin tapaisen tartuttavuuden vuoksi.
Ilmoita asiaton viesti
Erittäin hyviä uutisia siis Tanskasta joka tapakseessa! Kiitos paljon Pauniolle raportista!
Juuri tällaisia raportteja tarvitaan, joissa on myös selitetty mahdollisia tilastoja vääristäviä tekijöitä ja otettu ne asiantunrevasti huomioon.
Ilmoita asiaton viesti
Esimerkiksi Yhdysvalloissa suuri osa koronaan liittyvistä poliittisista jännitteistä liittyy samalla epäselvyyksiin koronatilastoista. Tällä hetkellä Fox Newsin etusivulla on New Yorkin kuvernöörin Kathy Hochulin perjantaina julkaisema data. https://www.foxnews.com/health/almost-half-reported-ny-covid-19-hospitalizations-not-due-covid-19
Sen mukaan yli puolet COVID-19-sairaalatapauksista eivät johtuneet koronasta tai siihen liittyvistä oireista (not due to COVID-19 or related symptoms). Käsittämätöntä, että tällä tapaa eriteltyjä tilastoja julkaistaan vasta nyt!
Myös THL:n sanamuoto voisi olla tähän liittyen selvempi: ”Tässä kuvataan THL:n avoin aineisto, joka kuvaa Suomen COVID-19-potilaiden määrää sairaalahoidossa.” Varmaan supertyhmä kysymys, mutta eivät kai tuohon voi sisältyä potilaat, jotka ovat sairaalassa muusta syystä kuin koronan tähden? https://thl.fi/fi/tilastot-ja-data/aineistot-ja-palvelut/avoin-data/sairaalahoidossa-olevat-covid-19-potilaat
https://www.koronatilastot.fi/fi/sairaala/ -sivuilla on selkeä sanamuoto: ”Koronaviruksen vuoksi sairaalahoidossa olevat ja kuolleet”. (EDIT klo 10.08: Tämän sivuston 7.1. lukema 508 vastaa kyllä THL:n ko. sivujen kautta avautuvan Sairaalahoidossa olevat COVID-19-potilaat -taulukon lukemaa. https://sampo.thl.fi/pivot/prod/fi/epirapo/covid19care/fact_epirapo_covid19care?row=erva-456367&column=measure-547523.547516.456732.445344.#. THL:n sanamuoto voisi silti olla näin tärkeässä asiassa selvempi.)
Olisi arvokasta joka tapauksessa, jos Paunio voisit avata joitakin mahdollisia virhelähteitä tai väärinymmärryksen vaaroja suomalaisissa tilastoinnissa, esimerkiksi Tanskan tilastointiin verrattuna.
Ilmoita asiaton viesti
Nyt kun tartuntamäärät tulevat olemaan aivan uusilla luvuilla, meillä käy samoin kuin muualla, eli että tartunnan saaneet tulevat aivan muista syistä sairaalaan ja heillä on mukanaan omikron. Miten tämä tilastoidaan ja viestitään, en tiedä.
Ilmoita asiaton viesti
Toivoisi tämänkaltaisen julkisen kirjoittelun yleistyvän nyt meilläkin. https://www.ft.com/content/b0cd9239-f2df-4afc-912f-b3f87fc676ff
”The typical time patients stayed in hospital remained at about three days under Omicron, compared with about seven days in the other waves, he added.”
It was “very heartening” that South African public and private hospitals were able to deal with Omicron-related admissions without being overwhelmed, Venter said. It also showed the value of early warnings so that doctors could prepare, he added.”
”“It might not be the utter carnage of previous waves, but it can still place health systems under strain,” Moultrie said.”
Ilmoita asiaton viesti
180×180 kuvapistettä sisältävä FT:n logo?
Ilmoita asiaton viesti
Sori tässä. https://www.ft.com/content/b0cd9239-f2df-4afc-912f-b3f87fc676ff
Ilmoita asiaton viesti
maksullinen
Ilmoita asiaton viesti
Joo niin taitaa olla… Siinä kerrotaan, kuinka omikron muutti kaiken ja olojen vakiintuminen Etelä-Afrikassa antaa osviittaa siihen miten yhteiskunta normalisoituu eikä terveydenhuolto siellä ole vanhaan tapaan uhattuna ja että kuolevuus on pudonnut yhteen kymmenesosaan aiemmasta.
Ilmoita asiaton viesti
Minulla on vielä voimassa 1 €/kk hintainen FT:n koetilaus.
Täytyy vielä lisätä, että edellinen kolmas aalto oli aika rankka siellä ja sen ansiosta väkirikkaimmassa Gautengin provinssissa väestöstä 75 %:lla oli vasta-aineita. Täysi rokotuskattavuus taas oli vain noin 25 %.
Viime vuonna Etelä-Afrikassa kuoli virallisesti koronaan noin 90 000 ihmistä, mutta ylikuolleisuus oli noin 200 000. Väkeä noin 60 miljoonaa. Suomeen suhteutettuna kuolleisuus olisi siis noin 18 333. Sellaisen jälkeen melkein mikä tahansa on aika normaalia..
Ilmoita asiaton viesti